Madrasah Aliyah Makale didirikan pada bulan Maret 1993 oleh beberapa tokoh Muslim Tana Toraja yang membentuk tim perintis / pendiri Madrasah Aliyah Makale antara lain :

1.      Drs.H.Nurdin Baturante, M.Ag  (Penasehat)
2.      Drs. H. M. Said Toago, ( Ketua)
3.      Drs. Sampe Baralangi, M.Sc.(Sekretaris)
4.      Dra. Nirwana Nurdin (Bendahara)
5.      Drs. Mansur Amiruddin,  (Anggota)      
6.      Drs. Mustari Pandang, h. (Anggota)
7.      Muh.Ali,BA, (Anggota)
8.      Drs.M.Arsyad Ali,  (Anggota)
9. E.Syahrie Rante,BA,(Anggota)
10. Drs. Muh. Laga, (Anggota)
11. Drs. Yusuf SD,(Anggota)       
12. Drs. Amirdan ( Anggota) serta tokoh masyarakat lainnya.

Pada TP.1993/1994, Madrasah Aliyah Makale mulai menerima siswa baru sebanyak 30 orang dimana proses belajar mengajar  menumpang pada Gedung Madrasah Tsanawiyah Negeri Rantepao di Makaledengan status Terdaftar dan berafiliasi ke MAN Palopo. Dalam perjalan selama kurang lebih 3 (tiga) tahun, maka Madrasah Aliyah Makale dapat menamatkan siswa angkatan pertama pada Tahun Pelajaran 1996/1997.

Dalam perkembangannya yang cukup pesat pada Tahun 1998/1999 Madrasah Aliyah Makale dengan status DIAKUI dapat menyelenggarakan ujian sendiri dibawa pimpinan Drs. Syamsuddin sebagai Kepala Madrasah Aliyah definitive yang pertama (periode 1996.s/d 2005). Atas kerja sama yang baik antara tokoh masyarakat dan pengelolah Madrasah Aliyah Makale, maka berdasarkan SK Menteri Agama No. 558 tanggal 30 Desember 2003 Status Madrasah Aliyah swasta berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri Makale dan tahun 2015 berubah nama menjadi Madrasah Aliyah Negeri Tana Toraja.

Kepemimpinan di Madrasah Aliyah Negeri Tana Toraja telah berlangsung mulai Drs. M. Said Toago (1994 s/d 1995), Drs. Bumbun Pakata (1995 s/d 1996 ) , Drs. Syamsuddin  (Desember  1996 s/d Mare 2005 ) Drs. H. Staddal ( Maret 2005 s/d September 2005 ), Drs. Suardi , M.Pd,       ( September 2005  s/d 25 September 2012), Dra. Nirwana Nurdin (Pelaksana Tugas Kepala MAN dari September 2012 s/d Januari 2013) dilanjutkan oleh Drs. Sampe Baralangi, M.Sc yang dilantik di KANWIL KEMENAG SULSEL pada tanggal 11 Januari 2013.